Há notícias da existência desta igreja já desde o séc. XVIII. Com o terramoto de 1755 foi parcialmente destruída. A sua reconstrução foi iniciada em 1763, passando os ofícios religiosos a ser celebrados na Capela de S. Sebastião, em Barcarena. A igreja de S. Pedro é de uma só nave. Reúne no seu interior um conjunto de soluções artísticas e decorativas de grande diversidade material e estilística presente nos múltiplos retábulos.

Do séc. XVIII datam a talha da Capela-Mor, os pequenos altares em redor e os azulejos policromos que revestem a nave e a capela. Da mesma época data o conjunto de azulejos da sacristia. Outros elementos de realce são o arquibanco de madeira do séc. XVII, o lavabo de mármore branco do séc. XIX e várias imagens em madeira estufada e policromada, bem como um rico espólio para a celebração do culto.

Para além do cemitério que agregava desde 1930, esta igreja era utilizada como hospital que recolhia os pobres e os doentes, que eram depois encaminhados para o Hospital S. José, em Lisboa. Em 2010, este local de culto sofreu obras de restauro e de beneficiação.